福田口岸站位于國(guó)花路與福田保稅區(qū)一號(hào)通道交叉口西南側(cè)，沿福田保稅區(qū)一號(hào)通道東西向布置。車站為地下三層三跨島式站臺(tái)鋼筋混凝土箱形框架結(jié)構(gòu)，共計(jì)出入口4個(gè)：E口、C口、D1口、D2口。

其中，C口接地鐵4號(hào)線福田口岸站；D2口接菩提路北側(cè)；D1口接桂花路北側(cè)；E口接菩提路銀泰苑小區(qū)。