開航初期，深穗“水上巴士”每天往返各3班，共6個班次。其中，深圳機場碼頭至廣州南沙客運港開行時間分別為10：10、13：30、17：35，廣州南沙客運港至深圳機場碼頭開行時間分別為09：00、11：50、16：30，船班時刻覆蓋早、中、晚各時段，可滿足旅客全天出行需求。
